A Vízgyűjtő Pályázati Program közvetlen célja, hogy átfogó szakértői támogatást nyújtson olyan önkormányzati partnerségeknek, amelyek korábban nem rendelkeztek humántőkével vagy anyagi forrással az ilyen típusú koncepciók közös kidolgozására. A vízgyűjtő-támogatási program további célja, hogy a nyertes pályázók számára kidolgozott szakmai koncepciókon keresztül országszerte ösztönözze a vízgyűjtő-szintű együttműködést és stratégiafejlesztést.
A Pályázati Program keretében a nyertes pályázók a pályázat előzetes előkészítettségének függvényében szakértői támogatással elkészülő szakmai koncepciót, tanulmányt kapnak, amely javaslatot tesz a beavatkozási helyekre és az egyes helyre vonatkozóan szakértői ajánlást tesz a beavatkozás módjára a jelzett probléma megoldása érdekében.
Magyarország települési önkormányzatainak (GFO 321) konzorciumai (legalább 3 település együttműködése), amelyben partnerként részt vehetnek Magyarország vármegyéinek önkormányzatai is. A felhívás célcsoportja azon települések csoportja, amelyek egy részvízgyűjtőn (lásd.: 221/2004. (XII.30,) Korm. rendelet 2§ c.) pontja) helyezkednek el és a felmerült megoldandó probléma azonos befogadót, vízfolyást érint.